3D-Video-Nachbearbeitung / viele Fragen!

Hi, ich hoffe erstens hier im richtigen Bereich im Forum zu sein bzw. dass sich jemand auskennt:

Ich habe folgende Geräte im Einsatz:

1 Panasonic HDC-Z10000 FullHD 3D Videokamera
1 Panasonic PT-AT5000 3D Beamer

Die Kamera filmt ordentlich und gibt das aufgenommene 3D-Bild auch bei Direktanschluss an den Beamer direkt in 3D aus. Nun würde ich das ganze aber sehr gerne Schneiden und Bearbeiten. Wissen und Erfahrung im dem Bereich ist vorhanden - nur die Arbeit mit 3D-Material noch nicht.

After Effects (AE) CS6 steht zur Verfügung.

Folgende Fragen:
Format
Die Kamera speichert als AVCHD im Video-Format MTS.
Dieses lässt sich auch problemlos in AE importieren. Allerdings ist das dargestellte Bild hier natürlich 2D und "normal".

??? Wie muss das Material korrekt bearbeitet werden, um später wieder das komplette 3D auszugeben ???
??? In welchen Ausgabeformaten sollte man sich bewwegen ???

Über ein paar Infos wäre ich sehr dankbar, falls möglich